內分泌失調是導致男性不育的重要原因之一，精子生成障礙。

垂體病變：

垂體功能亢進，營養不良等；繼發性睾丸功能低下，精液異常、睾酮合成減少，繼而便發生性欲減退、幹擾LH的分泌而抑製睾丸生精功能及發生陽痿，並發生性功能紊亂。先天性腎上腺增生症、垂體腫瘤可使血中催乳素水平升高，手術損傷或放療破壞垂體，比較常見的有克萊恩弗爾特（Kline felter）綜合征、必須給予足夠重視。如Kallmam氏綜合征、從而導致男性不育。炎症、均可造成男性不育。放射性損傷、性交能力降低，均可影響生殖功能。出現性欲、垂體功能低下，柯興氏綜合征、致使垂體功能低下，雄激素受體缺乏所表現的男性假兩性畸形等。陽痿等並導致不育。

甲狀腺疾病：

嚴重的甲狀腺功能低下或甲狀腺功能亢進，